Jacqueline Fontyn werd geboren in Antwerpen. Kort na haar vijfde verjaardag krijgt ze dagelijks piano-onderricht van de uitstekende Russische pedagoog Ignace Bolotine die tevens haar interesse en aanleg voor improvisatie stimuleert. Op 15-jarige leeftijd besluit zij componiste te worden.

Muziektheorie, orchestratie en compositie volgt ze bij Marcel Quinet. Ze rondt haar studie af te Parijs met Max Deutsch die haar de wereld van Schoenberg doet ontdekken.

In 1956 volgt ze cursus orkestdirectie in de klas van Hans Swarowsky, aan de "Academie für Musik und Darstellende Kunst" van Wenen.

Van 1963 tot 1970 onderwijst zij muziektheorie aan het Koninklijk Conservatorium van Antwerpen, en wordt dan tot 1990 professor compositie aan het Koninklijk Conservatorium van Brussel. Tezelfdertijd is zij een veelgevraagde gastdocente aan diverse universiteiten en conservatoria in Europa (Duitsland, Frankrijk, Hongarije, Nederland, Polen en Zwitserland), de Verenigde Staten van Amerika (in 9 plaatsen gaande van New- York tot Los Angeles) Israël, Egypte, Azië (China, Korea, Singapore, Taiwan) en Nieuw-Zeeland.

Jacqueline Fontyn bekwam verscheidene onderscheidingen, o.a. de prijs "Oscar Espla" in Spanje, en de prijs "Arthur Honegger" van de "Fondation de France". Tevens werd haar opgedragen om het opgelegde concerto voor viool en orkest te componeren voor de finale van de "Internationale Muziekwedstrijd Koningin Elisabeth" in 1976, alsook twee werken voor de "Koussevitzky Music Foundation in the Library of Congress" in Washington.

Sinds 2006 is een groot deel van haar manuscripten opgenomen in de Library of Congres. In 2014 heeft de Koninklijke Bibliotheek van België het grootste deel van de manuscripten die in het land zijn gebleven verworven.

Ze is lid van de Koninklijke Academie voor wetenschappen, letteren en schone kunsten van België en als erkentelijkheid voor haar artistieke verdiensten werd haar in 1993 door de Koning de titel van Barones verleend