Jacqueline Fontyn wird in Antwerpen geboren. Schon kurz nach ihrem fünften Geburtstag erhält sie vom ausgezeichneten, russischen Musikpädagogen Ignace Bolotine täglich Klavierunterricht. Er ermutigt sie, ihre Musikimprovisationen weiterzuentwickeln. Mit fünfzehn Jahren beschlieβt sie Komponistin zu werden.

Musiktheorie, Instrumentierung und Komposition studiert sie bei Marcel Quinet in Brüssel, Sie setzt ihre Ausbildung fort in Paris bei Max Deutsch, ein begeisterter Schüler Arnold Schoenbergs.

1956 besucht sie die Dirigierklasse von Hans Swarowsky an der Akademie für Musik und Darstellende Kunst in Wien.

Von 1963 bis 1970 ist Jacqueline Fontyn als Professorin für Musiktheorie am Antwerpener Konservatorium tätig, lehrt Komposition am Königlichen Konservatorium in Brüssel von 1970 bis 1990. Sie hält regelmäβig Gastvorträge und Meisterklassen an Universitäten und Musikhochschulen in der ganzen Welt.

Zu den vielen Auszeichnungen, die Jacqueline Fontyn für ihr kompositorisches Schaffen erhalten hat, gehören u.a.: der Preis "Oscar Espla" aus Spanien, der Preis "Arthur Honegger" der "Fondation de France", der Auftrag zu einem Violinkonzert als Pflichtstück des Finales im "Concours international Reine Elisabeth" (1976), zwei Auftragswerke der Koussevitzky Foundation der "Library of Congress" (Washington DC).

Im jahre 2006 erwarb die Library of Congres ihre sämtlichen Musikmanuscripte.

Sie ist Mitglied der belgischen "Académie Royale des sciences, des lettres et des beaux-arts". 1993 wird sie vom belgischen König in Anerkennung ihrer künstlerischen Verdienste geadelt.